아폴로니아 베이 호텔은 평화롭고 로맨틱한 지역인 미코노스 섬의 아지오스 아이오아니스 해변에 위치하고 있으며 100미터 위로는 작은 해변이 있으며 델로스 섬의 아름다운 풍경을 가지고 있습니다. 또한 호텔은 쇼핑, 레스토랑 그리고 나이트라이프 등을 즐길 수 있는 미코노스 타운에서 3킬로미터 떨어진 지점에 있습니다. 호텔 바로 앞에는 버스역이 있어서 섬의 다른 지역으로 편리하게 이동할 수 있도록 도와 줍니다.