L'Apollonia Bay Hotel si trova sulla spiaggia di Agios Ioannis, sullìisola di Mykonos, in un'area tranquilla e romantica, 100 metri sopra una piccola spiaggia con vista magnifica dell'isola di Delos, a tre chilometri dalla città di Mykonos e dai suoi negozi, ristoranti e dalla vita notturna. La stazione dell'autobus si trova proprio di fronte all'albergo, e permette agli ospiti di raggiungere facilmente le altre parti dell'isola.