La historia antigua de Jodhpur esta indeleblemente conectada al clan Rathor: los orígenes pueden seguirse hasta el jefe del clan, Rao Jodha, el cual está reconocido como el que fundó Jodhpur en 1459. Sacados de su tierra natal por los afganos, los Rathores escaparon de Kaunaj a Pali, que es el lugar del actual Jodhpur. El matrimonio de Rathore Siahaji con la hermana de un príncipe local ayudó a establecer el clan en la región.
Eventualmente el clan derrocó a los Pratiharas que eran quienes dirigían Mandore, un importante asentamiento a poca distancia. Establecieron su capital en Mandore durante algún tiempo, pero cuando surgieron las necesidades de una localización más segura, Rao Jodha eligió Jodhpur – o la “Ciudad del Sol”-

Con excepción de Aurangzeb, los Rathores mantuvieron buenas relaciones con los Mughals: de hecho, el Maharaja Jaswant Singh apoyó a Shahjahan cuando lucho por la sucesión al trono. Tras la muerte de Aurangzeb, el Maharaja Ajit Singh expulso a los Mughals de Ajmer, y anexionó la tierra a Marwar (como se conocía a Jodhpur en aquella época). Durante el reinado del Maharaja Umed Singh Jodhpur prosperó convirtiéndose en una ciudad moderna.

Jodhpur era el mayor estado en Rajputana en términos de tierras en los tiempos del Raj Británico, y continuó prosperando, como hicieron los Marwaris, que eran los mercaderes de la época. Cuando India alcanzó la independencia en 1974, el estado se unió a India, y se convirtió en parte del gran estado de Rajasthan, siendo Jodhpur la segunda ciudad más grande del estado.

Jodhpur es conocida como la “Ciudad del Sol”, algo bastante razonable, ya que el sol luce con cierta intensidad casi todos los días el año. Localizada junto al desierto, este es uno de los lugares más secos que pueden encontrarse en el norte de India – con excepción de las comunidades que de hecho están localizadas dentro del desierto del Thar.

La estación de verano va de Abril a Julio. Además de ser muy seca, es normalmente caliente, con las medias de temperatura durante el verano sobre los 42ºC durante el día. Las máximas en los meses de verano pueden superar los 47ºC y las mínimas rara vez bajan de los 35ºC. Las tardes son más frescas con noches agradables para dormir – haciendo el periodo de Abril a Julio tolerable. La lluvia en Jodhpur tiene lugar tras la estación de verano, en Julio y Agosto, con cantidades considerables en ciertos momentos, que llenan las reservas de la zona.

El invierno, con un fuerte contraste, puede ser muy frio durante las noches, con temperaturas de 1ºC bastante frecuentes; y las máximas durante el día alcanzando unos agradables 20-24ºC. La mejor época para una visita es de Octubre a Marzo, cuando las condiciones climáticas son mejores: tras las lluvias y antes del calor del verano.