El Apollonia Bay Hotel está situado en la playa de Agios Ioannis en la isla de Mykonos, una tranquila y romántica zona, a 100 metros por encima de una pequeña playa y con preciosas vistas sobre la isla de Delos y ubicado a tres kilómetros de la ciudad de Mykonos, con sus tiendas, restaurantes y vida nocturna. La estación de autobuses está frente al hotel dando un acceso fácil a las otras partes de la isla.