El Hotel Amarilis está situado en una calle tranquila cerca del centro de la ciudad en el centro histórico de Praga, cerca de la Plaza Wenceslao y el Museo Nacional con el nuevo Ayuntamiento que limita a 250 metros del hotel. El hotel está muy convenientemente situado para acceder a enlaces de transporte público; la estación más cercana es la estación de tranvía Stepanska, situada a 300 metros del hotel.