Das Apollonia Bay Hotel befindet sich am Agios Ioannis Strand auf der Insel Mykonos , in einer ruhigen und romantischen Gegend, 100 Meter über einem kleinen Strand und mit Blick auf die Insel Delos, liegt drei Kilometer von Mykonos Stadt mit seinen Einkaufsmöglichkeiten, Restaurants und Nachtleben. Die Bushaltestelle ist direkt vor dem Hotel, die einen einfachen Zugang zu den anderen Teilen der Insel bietet.